La carrière militaire de Pérignon se déroule entièrement sous la Révolution : étranger à la guerre tout au long de l'Empire, il ne trahit ni Napoléon ni Louis XVIII en 1815, se tenant alors à l'écart de la vie politique française, mais finit par se rallier à la monarchie en votant la mort du maréchal Ney.

Devenu sous-officier dans un corps de grenadiers du Roi en 1769, Pérignon se trouve dans son pays natal, l'Espagne, quand la Révolution éclate en France. Il est affecté à l'armée des Pyrénées orientales où plusieurs faits d'armes lui valent d'être remarqués par ses supérieurs. En novembre 1794, il remporte la bataille de la Montagne Noire contre les Espagnols, avec le concours du général Dugommier (qui mourra au cours du combat). L'année suivante, il se voit élu au Conseil des Cinq-Cents et nommé ambassadeur en Espagne, mais il s'engage de nouveau aux côtés des Français en 1797 puis 1799, où, blessé à Novi, il est fait prisonnier par les coalisés.

Vice-président du Sénat en 1800, il approuve le Consulat à vie ainsi que l'Empire en 1804. Napoléon s'en souvient et le fait maréchal d'Empire à titre honoraire. L'Empereur le nomme commandant en chef de l'armée napolitaine de Murat en 1808, pour remplacer le maréchal Jourdan, devenu conseiller à la cour de Joseph en Espagne. Pérignon ne sera de retour en France qu'en 1813, pour se rallier aux Bourbons l'année suivante. Ayant perdu sa dignité de maréchal durant les Cent-Jours, il se rapproche à nouveau de Louis XVIII après Waterloo, et vote la mort du maréchal Ney à son procès. Celui-ci lui restitue son bâton de maréchal de France et le nomme marquis en 1817.
Bien que maréchal d'Empire, Pérignon aura donc consacré la grande majorité de sa vie à servir la monarchie, à laquelle il ne semblait pourtant pas attaché. ■